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工业化应用的酶大多数是胞外酶-微生物维氏硬度计 利用纯化酶或者固定化酶，可以消除其中的许多限制。将来，许多传统发酵过程可能会被多级酶反应器所取代，从而提高底物利用率、产品得率以及产品均一性。 在工业处理、临床医学和实验室操作中，应用和可能应用高纯酶的场合在不断增加。 在许多操作中，如澄清葡萄酒和果汁、啤酒冰冻和面包生面团的改良，利用粗酶几乎不增加生产成本。工业化应用的酶大多数是胞外酶，即被微生物分泌到体外并在环境中作用于底物的酶，这些酶类似于人类和动物的消化酶。当微生物需要将胞外大分子分解为可同化的小分子时，通常会将酶分泌到发酵基质中，因此，一些培养了细菌、酵母或霉菌的发酵液可以作为蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶丈很少量)、脂肪酶等的重要来源。大多数工业用酶是水解酶，无需辅助因子就具活性，且无需破坏上海金相镶嵌机壁即可从微生物中分离，具有水溶性。
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