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生物质纤维素和厌氧菌有机结构研究数显洛氏硬度计纤维物质的分离 粪便和其他类型的生物质包含纤维素和其他难以被厌氧菌利用的有机结构。在以粪便为基础的分解系统中，典型的分解效率为50％～60％，这意味着消化液中仍包含有初始有机物干物质的40％～50％，主要为纤维素。一些早期的工厂设有分离器来去掉一部分纤维素来生产商品化的混合肥料。由于这种混合肥料销量过小，大多数工厂已停止生产这种混合肥料。一些在丹麦的新型工厂再次使用分离设备，目的是生产一种干物质含量超过45％的纤维，此种物质可作为木材燃料锅炉的补充燃料。通过这种方法的产热能效提高了大约15％。另一个好处是在不久的将来除去纤维素中剩余的磷酸盐可能增加这种方法的可行性。 占支配地位的是螺杆分离器，有时结合预分离来增加分离器，容量臭味控制设备 厌氧消化粪便的一个好处是很大程度上降低了施肥过程中臭气的干扰。然而即使不限制臭气的排放，沼气厂臭气本身也会对附近居民的生活产生干扰。作为***/选择的预防措施，当然希望是把工厂置于没有人居的地方，另外贮槽应加盖。由于维修开口和转储／装填及内部泵送产生的容器开关，有必要对贮槽和工厂其他污染部分安装一个弱的抽吸管。为防止排放臭气这种气体必须被处理。气体的处理通常选择通过堆肥过滤器生物净化或是燃烧该气体。堆肥过滤器相对比较便宜，但操作需要经验。为了保证良好的清除率必须小心谨慎地维护，过滤器的失效有时是由于酸化，也可能是堆肥塌陷而变得过密，或是变干了。在锅炉燃烧时可以和工厂联合产热，但是因为需要的燃烧空气量是有限的，往往选择排空。臭气在机器中燃烧(混合有沼气)到目前为止还没被尝试，主要是臭气对机器容易产生负面影响。在一些工厂使用一种可再生的热交换系统，在工业通风条件下通常被用于气体溶剂的燃烧，虽然相当昂贵，但效果很好。
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