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| 基于纳米孔的便携式DNA测序仪提供超长读长 |
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便携式DNA测序仪公司Oxford Nanopore Technologies在2012年发布了相当于一般USB随身硬盘大小的USB测序装置，其尺寸比一副纸牌更小。尽管具有创新性，但也存在不少问题——包括有一点延迟，有时也不太准确。该测序仪可从双螺旋结构中取得单链DNA，并经由蛋白质纳米孔传送少量的电流。根据美国科技网站Ars Technica报导，DNA的4个碱基（A、C、G、T）能以不同方式改变纳米孔两侧电流与电压，通过测量该电流与电压的变化，就能分别对于单链DNA进行测序。六年后的今天，研究人员由于关注这些蛋白质纳米孔的特性，发现了该测序仪的新用途。在日前发表于《自然生物技术》（Nature Biotechnology）期刊的论文中，英国伯明罕大学的研究人员介绍该测序仪所提供的超长读长（long read），以及如何将它用于为先前抗拒表征的人类基因组进行测序。该装置还可用于决定来自另一个基因的两组染色体，为整个基因组测位表观遗传学控制的区域。该测序仪的新用途是由英国伯明罕大学微生物与感染学研究所教授Nick Loman和博士研究生Josh Quick共同开发的。Quick在发展读长方法方面扮演重要角色。虽然该测序仪仍然易于出错，但比起具有较高准确度的测序仪发生错误时却更胜一筹，特别是在读取具有超过200个碱基的DNA时。当DNA重复时，其他的软件程序也没辄了。而当高度准确的装置搭配Oxford Nanopore的小型装置使用时，可实现一种提供序列的折衷方案，并显示该序列如何形成更大的部分。该研究采用不同的软件解决方案和电压数据诠释信息，探索几种产生佳纳米孔测序的方法。研究人员以多种方法进行多次读取和绘图，终达到了99.44%的准确率。Ars Technica的报导中解释，因为我们继承了分别来自父母的两个复制染色体——尽管版本不同，但底层的DNA是相同的。这意味着短读长的DNA无法确定二者分别为何。因此，纳米孔提供的长读取极其关键。在实验过程中，研究人员发现其读长高达88.2万个碱基，这是在初的基因组测序计划中无法实现的。研究人员并预测，这项新的应用将有助于填补原始基因组计划中的所有空缺。研究人员在研究过程中确实也遇到了一些挑战。他们发现用于保存DNA信息的通用档案规格无法处理过长的序列，导致分析软件出现故障。当然，如果能更新软件使其包含这项功能，那么未来应用可能性是无止境的。Loman说：“即使是在一年前，实际上也还难以对整个人类的基因组进行测序，但得力于纳米孔等技术近来的进展和创新，我们现在已能测序非常长的基因组片段。”他还把这种测序方法比喻为拼图。“在这项研究中，重要的发现之一是，即使完成了人类基因组参考或者认为已经完成一段时间了，它仍然包含许多不足的部分，我们开发的新方法采用纳米孔定序发展出超长读长，从而缩短了序列中的一些差距。”
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